โรงเรียนเซนต์ยอแซฟยานนาวาจัดการศึกษาให้มีคุณภาพตามบรรยากาศการศึกษาคาทอลิก พร้อมรับการเปลี่ยนแปลงของโลกศตวรรษที่ 21 และสอดคล้องตามหลักปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียง